特許庁はシステム設計とシステム基盤の構築を東芝ソリューションに99億2500万円で委託、アクセンチュアと30億円超のプロジェクト管理支援契約を結び、プロジェクトを進めてきた。ところが設計が始まると、現行の業務やシステムを理解した職員と技術者が足りない問題が表面化、進行が滞っていた。
2010年6月には特許庁の元職員がシステム関連情報の見返りに、現行システムを担当するNTTデータの元社員から200万円超のタクシー代を受け取り、収賄容疑で逮捕されている（関連記事：「システム入札情報入手に賄賂」、特許庁審判官とNTTデータ社員を逮捕）。
この事件を受けて、特許庁は外部の有識者による「特許庁情報システムに関する調査委員会」を設置。同委員会は2010年8月に事実関係を解明した報告書をまとめた。報告書はプロジェクトの進行について「遅延は生じたが、体制強化などによって改善傾向にあり、プロジェクト再開は可能」と結論付けていたが、結果的に改善することができなかった。
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